Gewässerübergreifende Planung und Koordinierung von Maßnahmen
Um den ökologischen Zustand eines gesamten Fließgewässers zu verbessern, ist es notwendig, die Maßnahmen an den einzelnen Querbauwerken aufeinander abzustimmen. So nützt es wenig, wenn ein Querbauwerk durchgängig ist, die Nachfolgenden aber Wanderhindernisse darstellen. Wenn sich die Betreiber mehrerer Anlagen zusammensetzen, können die Planung koordiniert und unter Umständen auch Kosten gespart werden.
Bei besonders wertvollen Fließgewässern oder wenn eine ökologische Sanierung nicht möglich ist, sollte auch der Tausch von Wasserrechten oder die Abgabe der Konzession angedacht werden. Beim Tausch erhält der Betreiber das Recht auf Wasserkraftnutzung an einem anderen Gewässer, bei der Abgabe verliert er die Konzession, erhält dafür aber eine Entschädigung.
Anknüpfend an den letzten Punkt ist zu überlegen, ob es sinnvoll ist, „Vorranggewässer“ sowohl für die Kleine Wasserkraft als auch für den Naturschutz auszuweisen. So könnte zum Beispiel die Kleine Wasserkraft an Abwasserzuflüssen oder in ohnehin stark geschädigten Fließgewässern ohne große Probleme für den Naturschutz gefördert werden, während sie in wertvolleren Gebieten unterbunden oder zurückgebaut wird.