Die Bürgerinitiative RETTET DIE EMS engagiert sich gegen die Ausbaggerung und Vertiefung der Ems an der Emsmündung.

Was dort der Ems seit Jahrzehnten zu schaffen macht, ist die Papenburger Meyer-Werft, die ca. 35 Kilometer von der Küste entfernt die größten Luxusliner baut. Die Ems ist viel zu flach für diese großen Schiffe und muss daher immer wieder ausgebaggert und vertieft werden. Letztendlich baute man 2002 für die Werft ein Sperrwerk bei Gandersum, was genau genommen ein Stauwerk ist, weil es die Ems aufstaut, um die Luxusliner rausbringen zu können. Enorme Mengen an Steuergeldern wurden verschwendet und man weiß heute, dass ein Umzug der Werft an die nahe gelegene Küste wohl die bessere Lösung gewesen wäre. Man hält aber daran fest, die Werft im Binnenland weiterbauen zu lassen. Jetzt fordert die Meyer Werft auch eine Stauung der Ems im Sommer, was bislang wegen der schlechten Sauerstoffwerte der Ems im Sommer verboten ist. Die Ems erstickt in ihrem Schlick und die Häfen der Orte an der Ems ebenso.

Durch die Vertiefungen hat sich die Fließgeschwindigkeit des Flusses enorm erhöht und ist aus dem Gleichgewicht geraten. Die Flut kommt mit unglaublich großer Kraft in den Fluss und die Ebbe fließt wesentlich langsamer ab, darum bleibt der Schlick im Fluss und fließt nicht in den Dollart (die Mündung). Außerdem schreitet die Brackwasserzone (Salzwasser vermischt sich mit Süßwasser) immer weiter voran und sorgt somit für noch mehr Schlick. Schlick entsteht dort, wo Süß- und Salzwasser aufeinander stoßen. Absterbende Organismen bilden hier den Schlick.

Geplant ist eine Schleuse ins Sperrwerk zu bauen, was den wertvollen Lebensraum des Tideflusses für Vögel und Fische zerstören würde, weil somit die Ems von der Nordsee „abgeklemmt“ würde.

Ebenfalls direkt am Emsufer werden in Jemgum zur Zeit 33 Gaskavernen gebaut. Mindestens 20 sollen später folgen. Um die Kavernen auszuspülen, entzieht man der Ems das Wasser und spült es dann wieder als Sole (300g Salz pro Liter) in die Emsmündung. Die Baustelle wird jahrelang bestehen und ist unglaublich groß. Sie befindet sich direkt an den Vogelschutzgebieten und belastet nicht nur die Ems, sondern auch das Umland.

Außerdem ist seit August 2008 bekannt, dass die Emsufer mit Dioxin vergiftet sind. Schafslebern darf man nicht mehr essen und das Fleisch ist auch belastet. Überall wird jetzt nach Gründen gesucht, doch bisher konnten die Behörden nicht klären, wie das Dioxin auf die Deichvorländer gelangt ist.